Do zadań Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych należą sprawy związane z ochroną tajemnicy państwowej i służbowej, a w szczególności:

1) zapewnienie ochrony informacji niejawnych,
2) ochrona systemów i sieci informatycznych,
3) zapewnienie ochrony Urzędu,
4) kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji,
5) okresowa kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów,
6) szkolenie pracowników w zakresie ochrony informacji niejawnych,
7) przechowywanie akt zakończonych postępowań sprawdzających, prowadzonych w odniesieniu do osób ubiegających się o stanowiska lub zlecenie pracy, z którymi łączy się dostęp do informacji niejawnych stanowiących tajemnicę służbową,
8) prowadzenie wykazu stanowisk pracy i prac zleconych oraz osób dopuszczonych do pracy na stanowiskach, z którymi wiąże się dostęp do informacji niejawnych.